Eseguendo un programma tramite script (es.: file batch), può succedere che lo stesso parta correttamente, ma il file batch rimanga aperto mostrando una finestra DOS per tutto il tempo in cui il programma è in esecuzione. La soluzione è semplice: 

davanti al percorso assoluto inserite il comando start.

Ad esempio, se per mandare in esecuzione il "blocco note" di Windows inserite all'interno di un file batch il suo percorso assoluto

c:\windows\notepad.exe

per chiudere correttamente il file batch che esegue il vostro script, modificate il tutto in

start c:\windows\notepad.exe